巴尔鲁克山自然保护区是塔城地区植物物种基因库、西北生态屏障和野生动物栖息的乐园。在保护珍稀濒危植物，维护区域生物多样性，促进当地社会经济可持续发展，优化当地及周边区域生态系统上起到不可估量的作用。

  　　所以为了及时有效地保护好巴尔鲁克山自然保护区这块绿色资源宝库，自治区人民政府和和塔城地委、行署的高度重视。也得到了相关厅、局的大力支持和关心。从1980年起，就已成立了野巴旦杏自然保护区管理所，2005年，更名为巴尔鲁克山自然保护区，配备了工作人员19名、明确了土地所有权和管理权，并开展了多项保护基础设施建设。 

　　通过不懈的努力，从2009年到2011年，地区林业局聘请了新疆大学专家和工作人员对区内动植物资源与森林植被进行了科学考察，对动植物物种、区系地理成分、植被类型及其生态地理分布的调查研究，建立了较为完整的区内野生植物标本和照片样本材料，并编制完成了综合科学考察报告，后又进行了多次修正，为保护区的建设和晋升打下了坚实基础。2011年在综合科学考察的基础上由国家林业局调查规划设计院编制完成了巴尔鲁克山自然保护区总体规划，后也进行了多次修改和完善。2012年6月经自治区人民政府同意，正式推荐保护区晋升为国家级自然保护区。2013年3月全票通过国家林业局的评审。2013年12月19日通过国家级自然保护区审核委员会的评审，2014年12月9日，国务院正式批准公布。自此，巴尔鲁克山自然保护区正式晋升为国家级自然保护区。